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高性能的Python扩展:第一部分

发表于:2014-11-28 10:49

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 作者:J. David Lee    来源:51Testing软件测试网采编

  命名标记
  上面定义的宏,只在匹配NumPy的数组对象定义了正确的名称时才有效。在上面的代码中,数组被命名为py_m和py_r。为了在不同的方法中使用相同的宏,NumPy数组的名称需要保持一致。
  计算力
  特别是与上面五行的Python代码相比,计算力数组的方法显得颇为繁琐。
static inline void compute_F(npy_int64 N,
PyArrayObject *py_m,
PyArrayObject *py_r,
PyArrayObject *py_F) {
npy_int64 i, j;
npy_float64 sx, sy, Fx, Fy, s3, tmp;
// Set all forces to zero.
for(i = 0; i < N; ++i) {
F(i, 0) = F(i, 1) = 0;
}
// Compute forces between pairs of bodies.
for(i = 0; i < N; ++i) {
for(j = i + 1; j < N; ++j) {
sx = r(j, 0) - r(i, 0);
sy = r(j, 1) - r(i, 1);
s3 = sqrt(sx*sx + sy*sy);
s3 *= s3 * s3;
tmp = m(i) * m(j) / s3;
Fx = tmp * sx;
Fy = tmp * sy;
F(i, 0) += Fx;
F(i, 1) += Fy;
F(j, 0) -= Fx;
F(j, 1) -= Fy;
}
}
}
  请注意,我们使用牛顿第三定律(成对出现的力大小相等且方向相反)来降低内环范围。不幸的是,它的复杂度仍然为O(N^2)。
  演化函数
  该文件中的最后一个函数是导出的演化方法。
static PyObject *evolve(PyObject *self, PyObject *args) {
// Declare variables.
npy_int64 N, threads, steps, step, i;
npy_float64 dt;
PyArrayObject *py_m, *py_r, *py_v, *py_F;
// Parse arguments.
if (!PyArg_ParseTuple(args, "ldllO!O!O!O!",
&threads,
&dt,
&steps,
&N,
&PyArray_Type, &py_m,
&PyArray_Type, &py_r,
&PyArray_Type, &py_v,
&PyArray_Type, &py_F)) {
return NULL;
}
// Evolve the world.
for(step = 0;  step< steps; ++step) {
compute_F(N, py_m, py_r, py_F);
for(i = 0; i < N; ++i) {
v(i, 0) += F(i, 0) * dt / m(i);
v(i, 1) += F(i, 1) * dt / m(i);
r(i, 0) += v(i, 0) * dt;
r(i, 1) += v(i, 1) * dt;
}
}
Py_RETURN_NONE;
}
  在这里,我们看到了Python参数如何被解析。在该函数底部的时间步长循环中,我们看到的速度和位置向量的x和y分量的显式计算。
  性能
  C版本的演化方法比Python版本更快,这应该不足为奇。在上面提到的相同的i5台式机中,C实现的演化方法能够实现每秒17972个时间步长。相比Python实现,这方面有70倍的提升。
  观察
  注意,C代码一直保持尽可能的简单。输入参数和输出矩阵可以进行类型检查,并分配一个Python装饰器函数。删除分配,不仅能加快处理,而且消除了由Python对象不正确的引用计数造成的内存泄露(或更糟)。
  下一部分
  在本系列文章的下一部分,我们将通过发挥C-相邻NumPy矩阵的优势来提升这种实现的性能。之后,我们来看看使用英特尔的SIMD指令和OpenMP来进一步推进。
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