Linux的一些脑洞操作

发表于:2017-7-25 10:02  作者:ywliao   来源:博客

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  把当前文件夹的文件名用","连接成一行,或者将多行转变为一行
  ls | paste -s -d ","  # -s 选项将输入进行一次性粘贴
  ls | xargs | sed 's/ /,/g'  #xargs 将输入作为参数(空格分隔)传入
  ls | awk '{printf "%s,",$0}'
  将行逆序输出
    sed '1!G;h;$!d’'file  # 1!G 第一行不执行G命令,从第二行开始执行;$!d 最后一行不删除;第一行自动存入模式空间,将模式空间内容(第一行)放到保持空间(h),然后删除模式空间内容(d,否则它会自动输出),第二行自动存入模式空间,(开始用G)将保持空间(第一行内容)接到模式空间(第二行)后,将当前模式空间(第二行+第一行)放到保持空间(h),然后删除当前模式空间(d),依次类推,最后一行不删除模式空间,再自动输出模式空间内容
  删除#开头的注释行
  去掉每行开头4个字符
  cut -c 4- test.csv
  对文件第一列进行统计
  awk -F "," '{count[$1]++} END{for (record in count) print record,count[record] }' test.csv  #count[$1]++创建关联数组count[$1]并进行计数
  对文件第四列用":"切割成两列并将最后一列结果+1,然后输出全部列
  awk -F "," '{split($4,array,":");print $1,$2,$3,array[1],array[2]+1}' test.csv  #split切割$4存到数组array中,array[1]和arrya[2]即为切割后的两个区域
  对文件第二列求均值
  awk -F "," '{sum+=$2} END {print "Average = ", sum/NR}' test.csv
  实现DNA序列反向互补
  cat seq.txt | sed 'y/ATGC/TACG/' |rev
  某一行插入另外一个文件的内容
  sed '2 r a.txt' test.csv 
  对一个文件按照第一列进行筛选,筛选条件是必须在另外一个文件的第一列出现过
  awk -F "," '{if(NR==FNR){count[$1]=1}else if(count[$1]==1){print $0}}' chr.txt test.csv  #将第一个文件第一列的值存入关联数组,并给值为1,如果第二个文件建立的关联数组对应值为1,说明在第一个文件第一列出现过,则输出整行
  对文件第二列和第三列进行展开
  展开前四列
  展开后成为三列
  awk -F "," '{for (i=$2;i<=$3;i++) {print $1,i,$4}}'  test.csv 

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