(1)累加器A(Accumulator)
累加器A是8位通用寄存器，用来存放操作数和运算结果。数据读取时，累加器A用于存放从存储器读出的数据；数据写入时，累加器A用于存放准备写入存储器的数据。在执行算术、逻辑操作时，累加器首先存放一个操作数，执行完毕时累加器存放操作结果。累加器A是指令系统中最灵活的一个寄存器，各种寻址方式均可对之寻址。复位时，累加器A的内容不受影响。
(2)变址寄存器HX(IndexRegister)
HC08 CPU的变址寄存器HX是16位寄存器，H是高8位，X是低8位，可单独使用。变址寄存器HX主要用于变址寻址方式中确定操作数的地址，也可以用来存放临时数据，作为一般寄存器使用。复位时，高8位被清零。
(3)堆栈指针SP(Stack Pointer)
SP是指向下一个栈地址的16位寄存器，堆栈指针SP采用递减的结构，即进栈时SP减1，出栈时SP加1。复位时，SP的初值为$00FF(前置符号$表示十六进制数，下同)。栈指针复位指令(RSP)可将SP的低8位置为$FF，而不影响高8位。
在堆栈指针作为8位或16位的偏移量寻址方式中，SP充当变址寄存器功能，CPU利用SP的内容确定操作数的有效地址。
(4)程序计数器PC(Program Counter)
程序计数器PC也是16位的，可寻址范围达64KB。PC存放下一条指令的地址，在执行转移指令时存放转移地址，在执行中断指令时存放中断子程序入口地址。复位时，程序计数器PC自动装入地址$FFFE和$FFFF中的内容。一般地，地址$FFFE和$FFFF中的内容是复位的入口地址，这样，复位后，程序能够从复位入口地址开始执行程序。复位入口地址也称复位向量地址或复位矢量地址(Reset vector address)，意味着复位状态过后，PC指向该处，从这里执行程序。
(5)条件码寄存器CCR(Condition Code Register)
条件码寄存器CCR是8位的寄存器(见图3-1)，其中5位(除了中断屏蔽位I)用于指示执行完指令的结果状态，这些位可由程序来测试。第6位(D6)和第5位(D5)永远为1，其余位有具体的含义，分别介绍如下：
①V(D7)—溢出标志位(Overflow
Flag)
当二进制补码溢出时置位。有符号跳转指令BGT、BGE、BLE和BLT使用该标志。
②H(D4)—半进位标志位(Half-Carry
Flag)
执行加法指令(ADD)和带进位加法指令(ADC)时，如果相加的结果的低四位向上产生进位，即累加器D3向D4有进位，则CPU将半进位标志H置“1”。该标志对于一般运算是没有用的，但在二进制编码的十进制(BCD)数据运算中则很有用，由于BCD码是以四位二进制数来表示一位十进制数，所以在BCD码算术运算中，半进位标志H记录的是一位十进制数的进位。做十进制调整(DAA)时，利用H和C的状态来判断是否调整。
③I(D3)—中断屏蔽标志位(Interrupt
Mask Flag)
I=1表示屏蔽中断，即禁止中断；I=0表示允许中断，即开放中断。复位时，该位被置“1”，可用CLI指令开中断。中断响应时，CPU将除H寄存器以外的寄存器推入堆栈，然后执行中断服务子程序，遇到RTI指令时，从栈中恢复包括CCR在内的各寄存器。当然也包括这一位的状态。为了保持与M68HC05系列兼容，变址寄存器高字节即H寄存器，在中断时未被自动保护(CPU内部自动保护了A、X、CCR、PC)，若在中断服务子程序中用到H寄存器的话，需要程序对H进行保护，可用PSHH和PULH使其进栈、出栈。
④N(D2)—负标志位(Negative
Flag)
CPU进行运算过程中，如果产生负结果，则将负标志N置为“1”。该情况用于有符号位的运算，数据位的最高位D7作为符号位，如果D7=1，说明数据为负，如果D7=0，说明数据为正。如果寄存器或存储单元的D7为1，那么把寄存器或存储单元的内容送入累加器A时，就会使N=1。如果寄存器或存储单元的D7为0，那么把寄存器或存储单元的内容送入累加器A时，就会使N=0。所以，负标志位N可用于检查有关寄存器或存储单元D7位的状态。
⑤Z(D1)—零标志位(Zero
Flag)
CPU进行运算过程中，如果数据或运算结果为0，零标志位Z被置“1”，否则被清“0”。
⑥C(D0)—进位/借位标志(Carry/Borrow Flag)
当进行加法运算时，在最高位D7上有进位；或在进行减法运算时D7需要向更高位借位，则CPU将进位/借位标志C置1，否则清0。一些指令如位测试、跳转、移位指令等也会影响该标志。
