担忧情绪主要来自开源社区历史上的一些冲突，他们会在网上自由发布和分享自己的作品，而微软则通过出售专有软件并保护自己的技术成为全球顶尖企业。2011 年，微软高管还曾将开源称作“知识产权破坏者”，并认为他们违反了生意场上的“美国之道”。微软前 CEO 史蒂夫·鲍尔默（Steve Ballmer）更是将开源社区称作“癌症”。
在 CEO 萨提亚·纳德拉（Satya Nadella）的领导下，微软把重点集中于云计算领域，并且建立了新的合作关系。但并非所有软件开发者都注意到这种变化，也并非所有人都信任该公司。
一位名叫加奎斯·马塞吉（Jacques Mattheij）的程序员写道：“微软向来都与开源社区和其他公司做对，滥用自己的地位。”此人甚至因此已经删除了 GitHub 帐号。
微软此次斥资 75 亿美元收购 GitHub。为了缓解用户担忧，微软决定让 GitHub 继续独立发展，并且会通过一系列工具支持多种编程语言的开发，还能使之在多个操作系统上运行。事实上，很多希望 GitHub 成功的开发者也承认，这家创办 10 年的公司需要一根救命稻草。在该交易宣布之前，该公司寻找新 CEO 已经 9 年时间，而且尚未盈利。
不过，还是有人前往 Twitter 表达不安，并威胁称要换用其他产品。
GitHub 联合创始人兼前 CEO 克里斯·万斯特拉斯（Chris Wanstrath）却安抚说，“人们有所怀疑是正常的。我几年前从没想过会发生这种交易。”他表示，微软过去几年的行动表明他们将支持开源社区的发展。
还有一些开发者也感到乐观。GitHub 用户、云计算创业公司高管古勒莫·劳奇（Guilermo Rauch）表示，该交易是“开源社区最好的事情之一”。
纳德拉则在接受彭博电视台采访时表示，让 GitHub 接受微软是个很关键的元素。“我们必须赢得信任。”他说，“我们最近的行动应该安抚所有开发者，让他们知道微软的意图。”
在 2000 年代初开源软件开始流行时，微软是这种模式最大的反对者。但在鲍尔默任职后期，该公司的态度开始缓和。鲍尔默当时派遣重要副手出席 2004 年的 Linux 会议，后来还跟甲骨文达成协议，通过微软云计算服务提供该公司的 Linux 系统。
在纳德拉上任之后，该公司进一步加大对开源软件的兼容力度，并增加产品开发力度。纳德拉甚至在周一表示：“我们现在全力压住开源。”
但还是有很多开发者并不信任微软。GitHub 的对手 GitLab 就试图利用这种不确定性，吸引很多开发者转移到该公司的平台。
不过，微软还是希望心存疑虑的开发者能给他们一次机会。即将出任 GitHub 的微软高管奈特·弗雷德曼（Nat Friedman）说；“我们希望开发者看我们的行动——包括我们最近的行动和过去几年的行动，我们跟开发者之间的合作，在开源社区采取的措施，以及我们今后采取的行动。我们认为我们给开源社区设置的开发者优先和独立原则都适合帮助 GitHub 继续增长，并继续赢得开发者的信任。
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